Jezioro Skrzynki Duże leży na terenie Borów Tucholskich, na północny wschód od miejscowości Lipusz. W pobliżu południowego brzegu jeziora przebiega trasa linii kolejowej Kościerzyna–Lipusz–Brusy–Chojnice.
Bardzo czyste jezioro z bogato rozwinięta florą i fauną. Roślinność wynurzoną stanowi głównie trzcina pospolita i tatarak, ale nie wkracza daleko w wody jeziora. Jezioro o bardzo szybko opadającym dnie do głębokości ponad 30 metrów.