Jezioro położone jest na terenie Pojezierza Olsztyńskiego, w dorzeczu Pasłęki. W pobliżu jeziora nie ma żadnych większych zabudowań ani nawet pojedynczych budynków. Na zbiorniku znajduje się wyspa o powierzchni 0,8 ha, porośnięta bujną roślinnością. Otoczenie jeziora stanowią łąki, a dalej od brzegów pola uprawne, brak w okolicy źródeł zanieczyszczeń.
Od strony południowo-zachodniej przylega niewielki las, a brzegi akwenu porastają wokół dość licznie drzewa mieszane, przeważnie liściaste. Brzegi: północny i zachodni są dość wysokie, odcinkami strome, pozostałe są płaskie. Na wschodnim brzegu zatoki znajduje się niewielka plaża, z dobrym miejscem na biwak i postój samochodów.
Dno i ławica przybrzeżna jeziora są piaszczyste, miejscami zamulone. Roślinność wynurzona ciągnie się dość wąskim pasem wzdłuż brzegów zbiornika, a składa się głównie z trzciny pospolitej. Roślinność zanurzona porasta płytsze partie jeziora.
Okręg PZW w Olsztynie zarybia jezioro m.in. szczupakiem.
Na jeziorze Skolity obowiązuje zakaz używania jednostek pływających z silnikiem spalinowym.