Jezioro położone w obrębie Obszaru Chronionego Krajobrazu Ełckiego. Zbiornik zasilają wody Jeziora Juchówka (Małe) oraz dwa inne małe dopływy. Odpływ wód odbywa się ciekiem do jeziora Dudeckiego. Jezioro Kukowino zaliczane jest do II klasy czystości wód.
Jezioro kształtem przypomina bumerang, ma dobrze rozwiniętą linią brzegową. Posiada trzy wyspy (łączna powierzchnia 3,4 ha) o zróżnicowanej wielkości. Brzegi po części wysokie, miejscami strome. Bezpośrednie otoczenie stanowią pola, łąki oraz nieużytki. Roślinność dobrze rozwinięta.